Není vhodné mít jeden velký functions.php soubor, jelikož se v něm špatně orientuje a takto velký soubor se i špatně verzuje například pomocí Gitu. Řešením může být automatické načítání všech PHP skriptů z adresáře functions.

Do functions.php stačí vložit následující kód:

<?php

foreach( glob(dirname(__FILE__) . '/functions/*.php') as $phpFile )
{
    require_once( $phpFile );
}